Na terenie Nadleśnictwa Toruń ustanowiono 7 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 152,82 ha. Rezerwaty to specjalnie wyznaczone obszary, gdzie głównym celem jest ochrona przyrody, a wszelkie działania ludzkie są dokładnie planowane i realizowane zgodnie z planami ochrony i zadań ochronnych.

Rezerwat LAS PIWNICKI

W rezerwacie tym ochronie podlega całe wielogatunkowe zbiorowisko leśne o cechach naturalnych. Są to łęg olchowy oraz grąd, zróżnicowany na dwa podzespoły - grąd niski i grąd typowy.

Łęg olchowy zajmuje obniżenia, w których jeszcze kilkanaście lat temu przez znaczną część roku stagnowała woda. Obniżenie się poziomu wód gruntowych i przesuszenie terenu wyeliminowało większość roślin charakterystycznych dla olsu. Ich miejsce zajęły gatunki runa właściwe zbiorowiskom łęgowym (np. ziarnopłon i śledziennica).
Drzewostany są tu z reguły dwupiętrowe, przy czym w I piętrze dominuje olsza szara, natomiast w drugim grab. Lokalnie towarzyszy im pojedynczo dąb i sosna. Warstwa krzewów nie osiąga silnego zwarcia, a oprócz podrostu olszy i grabu w jej skład wchodzi leszczyna, kruszyna, bez czarny i czeremcha.

Grąd niski jest zbiorowiskiem najbogatszym florystycznie. Drzewostan jest zwykle dwupiętrowy. Wyższe piętro tworzą dąb, sosna i grab z udziałem olszy szarej, brzozy brodawkowatej i niekiedy osiki. Podobnie przedstawia się drugie piętro z tym, że brak tu sosny i olchy, natomiast dochodzi klon zwyczajny. Warstwę krzewów tworzą podrosty wszystkich wymienionych gatunków drzew (poza sosną), a także leszczyna, kruszyna, bzy, szakłak, trzmielina europejska, jarzębina, czeremcha i jesion.

Grąd typowy jest dominującym zbiorowiskiem rezerwatu, zajmując około 80% powierzchni. Drzewostany tworzą dąb szypułkowy i sosna, niekiedy dąb bezszypułkowy, grab, brzoza brodawkowata i osika. W dolnym piętrze dominuje grab w towarzystwie obu gatunków dębu, a sporadycznie również sosna i jesion. Warstwa krzewów jest dobrze rozwinięta. Oprócz podrostu wymienionych gatunków drzew w jej skład wchodzą: kruszyna, leszczyna, jarzębina, bez czarny, a lokalnie również śnieguliczka i tawlina. N a skutek ocienienia runo rzadko osiąga wysoki stopień pokrycia. Do stałych komponentów runa należą: gajowiec żółty, gwiazdnica wielkokwiatowa i marzanka wonna.
Rezerwat "Las Piwnicki" należy do najlepiej przebadanych w Polsce pod względem fitosocjologicznym, fenologicznym i glebowym. Jest to zasługą naukowców Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.

Rezerwat LINJE

Utworzony w celu zachowania śródleśnego torfowiska z charakterystyczną dla tego zespołu przyrodniczego roślinnością oraz z jedynym w tej części kraju stanowiskiem brzozy karłowatej.

Torfowisko zajmuje bezodpływowe zagłębienie wytopiskowe utworzone na płacie piasków sandrowych, które rozcinają zachodni kraniec wysoczyzny morenowej Pojezierza Dobrzyńsko - Chełmińskiego.

Główny obiekt ochrony w rezerwacie - brzoza karłowata, jest reliktem epoki lodowcowej. Największe jej skupisko występuje w środkowej części torfowiska. Tworzy ona tu zwarte zarośla w zmieszaniu z bagnem zwyczajnym i borówką bagienną o powierzchni około 0,60 ha. Na ich obrzeżach występują też mniejsze skupienia (drobne kępy i grupy) brzozy karłowatej. Osiąga ona wysokość 0,40 - 0,80 m, rzadziej do 1 m wysokości.
Z innych gatunków chronionych i rzadkich, bardzo licznie w północnej i południowej części torfowiska występuje rosiczka okrągłolistna.
W części północnej w zagłębieniu mającym charakter dawnych torfniaków występuje stanowisko oczeretu jeziornego.

Torfowisko rezerwatu objęte jest ochroną ścisłą wykluczającą jakąkolwiek ingerencję człowieka.
Pozostała część rezerwatu obejmująca powierzchnię leśną otaczającą torfowisko jest objęta ochroną częściową.
Na terenie torfowiska sprawą decydującą o utrzymaniu chronionych osobliwości przyrodniczych jest utrzymanie stabilnych stosunków wodnych i niedopuszczenie do trwałego osuszenia terenu.

Rezerwat REPTOWO

Utworzony w celu ochrony gniazd czapli siwej.

Kolonia tych gniazd występuje w starodrzewiu sosnowym.

W 1991 r. zinwentaryzowano 54 gniazda na 17 starych sosnach.

Występuje tu ponadto starodrzew sosny osiągający naturalny wiek dożywania tego gatunku. Stan zdrowotny sosny jest zły. Większość drzew zaatakowana jest przez hubę sosnową i związany z nią mursz rdzeniowy.
Drzewostan rezerwatu jest w końcowym stadium regeneracji naturalnego zbiorowiska gradowego.
Panująca niegdyś sosna jest wypierana przez gatunki liściaste, głównie jawor i jesion w wieku 40 - 120 lat, a ponadto brzozę, 120-letnie dęby oraz sporadycznie klon, buk, wiąz, osikę i grab.
Warstwa podszytowa zajmuje 40-80 % powierzchni, a tworzą ją bez czarny, miejscami agrest, trzmielina, jarzębina, suchodrzew, i berberys.
Inne osobliwości przyrodnicze to występująca w północnej części rezerwatu grupa 5 drzew jarząbu mącznego o wysokości ok. 4 m.

Rezerwat LAS MARJAŃSKI

Utworzony w celu zachowania fragmentu lasu mieszanego, zbliżonego do nadwiślańskiego lasu łęgowego.
Główny gatunek - wiąz polny, który występował licznie w momencie jego utworzenia (w 1958 roku) obecnie spotykany jest jedynie w domieszce.
Gatunkami panującymi w drzewostanie są grab, sosna, buk i jesion.

Najbardziej zróżnicowane, wielogatunkowe, różnowiekowe o strukturze piętrowej są drzewostany z panującym grabem. Porastają one strome zbocza i jary spełniając funkcję glebochronną.
Współpanujące gatunki to buk (głównie w formie dużych kęp), dąb, lipa, wiąz, jesion i sosna w zmieszaniu jednostkowym lub grupowym.
W domieszce pojedynczo występuje również klon zwyczajny, jawor, klon polny, osika, topola, olsza i brzoza.
Wiek spotykanych tu drzew jest bardzo zróżnicowany: 40-60 lat dla najniższego piętrze, poprzez 60-140 lat dla d-stanu podstawowego, aż po ok. 200 lat dla najstarszych egzemplarzy sosen, dębów i lip.

Oprócz wymienionych wyżej gatunków pochodzenia naturalnego występują w rezerwacie również gatunki obce, głównie dąb czerwony, sosna czarna i kasztanowiec, wprowadzone sztucznie w okresie międzywojennym, gdy tereny te były traktowane jako park.

W rezerwacie jest wiele innych ciekawych elementów przyrodniczych.
W runie występuje tu szereg rzadkich gatunków - zdrojówka rutewkowata, łuskiewnik różowy, kokorycz pusta, marzanka wonna oraz wiele drzew pomnikowych.
Jest tutaj również bardzo interesujące krajobrazowe zbocze pocięte poprzecznymi jarami ze źródliskami i ciekami wodnymi.

Rezerwat WIELKA KĘPA

Celem ochrony jest zachowanie fragmentów nadwiślańskiego lasu łęgowego z udziałem topoli, dębu, wiązu, jesionu i olszy oraz licznych drzew pomnikowych.

Rezerwat położony jest na I terasie zalewowej doliny Wisły w odległości 120 - 380 m. od jej brzegu.
Wzdłuż granic rezerwatu biegną wypełnione wodą starorzecza Wisły. Znaczą one kolejne etapy przesuwania się Wielkiej Kępy w nurcie rzeki.
Obecnie rezerwat jest na stałe związany z lądem, a o tym, że była to kiedyś wyspa świadczy również nazwa.
Drzewostany rezerwatu stanowią przykład naturalnej sukcesji i przemiany pokoleń w zmieniających się warunkach przyrodniczych.

W 1991 roku zainwentaryzowano 64 topole czarne, 36 drzew topoli białej, 7 dębów i 2 wiązy.
Pierwotny, właściwy dla łęgów nadwiślańskich drzewostan topoli czarnej, topoli białej, wiązu i dębu ulega stopniowemu wymieraniu, a na jego miejsce wkraczają młode pokolenia właściwe dla obecnych warunków siedliskowych.
Najbardziej dynamicznie rozwija się jesion i wiąz, który w północnej części rezerwatu tworzy zwarty drzewostan, co jest dużą osobliwością przyrodniczą.
Niewątpliwie największą wartość przyrodniczą stanowią pozostałości dawnego 200-letniego drzewostanu topolowego.

Rezerwat PŁUTOWO

Utworzony w celu zachowania rzadko obecnie na Pomorzu spotykanego typu lasu mieszanego występującego na zboczach parowu z bardzo zróżnicowanymi pod względem składu gatunkowego drzewostanami.
Występujące w rezerwacie zbiorowiska roślinne zaliczono do grądu subkontynentalnego typowego i niskiego.
Drzewostany występujące na zboczach parowu mają charakter drzewostanów naturalnych. Gatunkiem panującym jest grab w wieku 90 - 120 lat. Gatunkami współpanującymi są: dąb, lipa, jesion, jawor, rzadziej brzoza olsza, kasztanowiec i grochodrzew.
Gatunkiem panującym jest grab w wieku 90 - 120 lat.
W strukturze pionowej najwyższe piętro tworzą stare dęby, lipy i wiązy.
Dolne piętro złożone jest głównie z grabu, jesionu, klonu, i wiązu. Warstwę podszytową pokrywającą miejscami 80 % powierzchni tworzą głównie bez czarny, dereń świdwa, trzmielina, leszczyna i suchodrzew.
Na płaskich pasach wysoczyzny morenowej występują drzewostany dębowe wprowadzone sztucznie dla wyrównania granicy lasu.
W zachodniej części rezerwatu, w rozwidleniu cieków, występuje powstały z samosiewu drzewostan jesionowy.

Zbocza Płutowskie

Chronione są tu fragmenty zboczy nad Wisłą porośnięte bogatą roślinnością stepową z udziałem miłka wiosennego. Jest to najbogatsze nad dolną Wisłą skupisko roślinności kserotermicznej. Murawy stepowe zachowały się w górnej partii zboczy, dolne zaś opanowane zostały przez zbiorowiska formacji krzewiastych. Głównym przedmiotem ochrony są dwa kserotermiczne zespoły murawowe:

• Zespół pięciornika piaskowego i ostnicy włosowatej,
  który i w składzie i w budowie najbardziej przypomina stepy. Głównym składnikiem tego zespołu są okazałe kępy ostnicy włosowatej i ostnicy Jana. Pomiędzy kępami ostnic rośnie często pięciornik piaskowy, turzyca delikatna, ostrołódka kosmata, tymotka Bochmera i inne rośliny naczyniowe. W lukach pomiędzy kępami traw występują kserotermiczne mchy i porosty. Porostami charakterystycznymi dla zespołu są granatka niebiesko-czarna oraz bardzo rzadki w Polsce obielec rozetkowy. Z grzybów należy wymienić gwiazdorza węgierskiego i pałeczkę zimową.

• Zespół miłka wiosennego i kłosownicy pierzastej,który zajmuje mniej kserotermiczne fragmenty zbocza i swym wyglądem przypomina barwne stepy o charakterze łąkowym. W zespole tym dominują rośliny wytwarzające rozłogi jak kłosownica pierzasta i stokłosa bezostna. Obok traw, które nie tworzą zbyt zwartych muraw rosną barwne i okazałe rośliny dwuliścienne jak miłek wiosenny, wężymord stepowy, dzwonek syberyjski, sasanka łąkowa, a miejscami szałwia łąkowa.

   

• 

  Oprócz głównych przedmiotów ochrony w rezerwacie występują osobliwości florystyczne w płatach przejściowych pomiędzy opisanymi zespołami stepowymi, a zaroślami i niewielkimi powierzchniami zbiorowisk łąkowych.Należy do nich leśno-stepowy zawilec wielkokwiatowy, storczyk kukawka i dzwonek boloński. Rzadziej spotykać można oman szorstki, goryczkę gorzkawą i bezzieleniową oraz zarazę przytulinową.

  Siedliska kserotermiczne rezerwatu z pionowymi ścianami oberwanego gruntu stanowią miejsce gniazdowania rzadkich gatunków pszczoły stepowej.

  Rezerwat pełni rolę naturalnej remizy ptasiej, żyją tu również jaszczurki zwinki, zaskrońce zwyczajne oraz mysz zaroślowa.